Из духовного сословия, отец — протоиерей, проф. Казан. духовной акад. Окончил низшее (1894), сред. духовное учеб. заведение (1900). По окончании Казан. духовной акад. по татар. циклу (1904) поступил на фак. вост. яз. Петерб. ун-та. Не ограничивался дисциплинами учеб. плана фак. Состоял чл. лингвист. кружка, руководимого И. А. Бодуэном де Куртенэ, проходил практ. занятия по эксперимент. психологии у А. П. Нечаева. Летом 1908 на средства Рус. к-та по изучению Сред. и Вост. Азии совершил лингвист. поездку к чулымским и кузнецким туркам Томской губ., издав в «Известиях» К-та отчет о поездке и поместив в журн. «Живая старина» (1909. № 2/3) ст. «Несколько слов о шаманстве у турецкого населения Кузнецкого уезда Томской губернии». Окончил ун-т по арабо-перс.-турец. разряду (1909), после чего причислен к М-ву нар. образования и определен пом. б-ря Музея антропологии и этнографии АН, где и состоял до 1915.
Будучи прикомандирован к Рус. к-ту для изучения Сред. и Вост. Азии М-ва иностр. дел для совершенствования знаний в обл. яз. и быта тюрк. народов (уйгуров, саларов, сартов, киргизов), собрал богатый и разнообразный материал по фольклору и этнографии, сделал муз. записи, обнаружил и приобрел ценнейшие рукоп. памятники, в т. ч. уникальную древ.-уйгурскую рукоп. «Золотой блеск», изд. к-рой было им позднее осуществлено совм. с акад. В. В. Радловым.
По возвращении из Китая в 1915—17 состоял при Петрогр. ун-те в кач-ве оставл. для подгот. к проф. званию. Сдал магистер. экзамены.
В 1917 переехал в Казань и принят в кач-ве приват-доц. в Казан. ун-т. В 1917—22 в кач-ве доц. и проф. преподавал в разл. вузах Казани (ун-те, где заведовал нумизмат. кабинетом, Сев.-Вост. археол. и этногр. ин-те, Вост. пед. ин-те и др., а также на курсах для приготовления татар-учителей. Читал курсы по общей тюркологии, яз., фольклору, истории и этнографии разл. тюркояз. народов). Одновременно изучал этнографию и диалекты татар Поволжья, одним из первых исследовал мишарский диалект татар. яз.
В 1922 в связи с изменениями в науч. востоковедной среде Казани (смерть одних, отъезд других востоковедов и т. п.) М. пришел к мысли о необходимости смены места работы. В письмах к акад. А. Н. Самойловичу он просил иметь его «в виду» на случай «освободившейся какой-либо вакансии где-либо в музее или библиотеке» Петрограда. Благодаря хлопотам А. Н. Самойловича в кон. 1922 М. был избран преп. Петрогр. ун-та. С этого времени и до кон. жизни его науч. и преп. деятельность связана с вузами и науч. учреждениями Ленинграда (ун-т, Геогр. ин-т, ЛИЖВЯ, Вост. ин-т, Ин-т народов Севера, ИЛЯЗВ, Тюркол. кабинет Азиат. музея (Ин-т востоковедения), Ин-т языка и мышления — Ин-т языкознания АН СССР). Принимал участие в работе Библиогр. отд. СОПС АН СССР по сост. библиогр. Таджикистана. В ун-те М. состоял проф., зав. каф. тюркской филологии, читал введение в тюркологию, вел занятия по чагатайскому, узб., ойротскому и др. яз., по яз. памятников древнетюрк. письменности. В ряде этих учреждений руководил аспирантами, а также аспирантами Ин-та красной профессуры, аспирантами, прикомандиров. из науч. учреждений Узбекистана. Во время Великой Отеч. войны работал в Алма-Ате, был проф. Казах. ун-та и Казах. пед. ин-та.
9 янв. 1931 М. обратился в дирекцию ПБ с прошением о зачислении его в Вост. отд-ние «по части регистрации и описи книг, газет и рукописей на арабском, персидском и, главным образом, на всех турецких наречиях». С 11 янв. зачислен б-рем 2-го р., а через месяц переведен на должность б-ря 1-го р. В отд. занимался приемкой кн., их каталогизацией, обслуживанием читателей, выполнял библиогр. справки и т. д. Он признавал, что работа в Б-ке способствует повышению его науч. квалификации «путем общего ознакомления с текущей литературой на турецких языках». По его инициативе в ПБ в 1933 было запланировано сост. «Библиографии по латинизации турецкой письменности», смета на ее проведение была представлена в К-т нового алфавита, но эта работа не получила развития ввиду ухода М. из Б-ки. Проработав в ПБ ок. 3 лет, с 16 сент. 1933 он уволился по лич. просьбе.
М. известен как блестящий знаток живых и мертвых тюркских языков СССР и сопредельных стран. Ему принадлежит ок. 170 печат. работ по яз., фольклору, истории и этнографии тюрк. народов Центр. и Зап. Китая, Монголии, Сред. Азии и Казахстана, Сибири и Поволжья. Он дал первые описания ряда тюрк. яз., открыл, исследовал и опубликовал многие древнетюрк. письм. памятники, принимал активное участие в языковом стр-ве, возглавлял работы по сост. алфавитов и орфогр. правил для ранее бесписьм. яз. народов СССР. После восстановления в 1934 уч. степеней ему в мае 1935 была присуждена уч. степень д-ра языковедения (без защиты дис.). В янв. 1939 избран чл.-кор. АН СССР по отд-нию обществ. наук (яз. и лит.). Был чл. ВГО, О-ва татароведения, Хакасского о-ва краеведения и др., участвовал в востоковед. и тюркол. съездах. Печатался в журн. «Докл. АН СССР», «Изв. АН СССР», «Вост. зап. АН СССР», «Зап. Ин-та востоковедения АН СССР», «Уч. зап. Казан. ун-та», «Сб. Музея антропологии и этнографии», «Живая старина» и др.
Награжден орденами Ленина, Труд. Крас. Знамени, медалями, заслуж. деятель науки Казах. ССР.
Соч.: Сутра золотого блеска. Пб., 1917 (совм. с В. В. Радловым); Заметки по каракалпакскому языку. Турстукуль, 1932; Памятники древнетюркской письменности: Тексты и иссл. М.; Л., 1951; Енисейская письменность тюрков: Тексты и иссл. М.; Л., 1952; Уйгурский язык. Хамийское наречие: Тексты, пер., слов. Фрунзе, 1956; Язык желтых уйгуров: Слов. и грамматика. Алма-Ата, 1957; Памятники древнетюркской письменности Монголии и Киргизии. М.; Л., 1959; Уйгурские наречия Синьцзяна: Тексты, пер., слов. М., 1961; Заметки о каракалпакском языке. Нукус, 1966; Язык желтых уйгуров: Тексты и пер. М., 1967.
Справ.: БСЭ; Науч. раб. Л-да; АН СССР: Перс. состав; Милибанд. 1995.
Лит.: Отчеты СПб. ун-та 1906—08. СПб., 1907—09; Белек [подарок] С. Е. Малову: Сб. ст. Фрунзе, 1946; Убрятова Е. И. О научной и общественной деятельности Сергея Ефимовича Малова // Тюркологический сборник 1. М.; Л., 1951 (библиогр.); Ее же. Сергей Ефимович Малов: (К 75—летию со дня рождения) // Изв. АН СССР. Отд-ние лит. и яз. 1955. Т. 14, вып. 1; Крачковский И. Ю. Избр. соч. М.; Л., 1958. Т. 5; Уч. зап. ЛГУ. Сер. востоковед. наук. 1960. № 296; Кармушин И. В. Памяти чл.-кор. АН СССР С. Е. Малова (16.1.1880—7.9.1975): К десятилетию со дня смерти // Изв. АН СССР. Сер. лит. и яз. 1968. Т. 27, вып. 4; Гордлевский В. А. Избр. соч. М.; Л., 1968. Т. 4; Азиатский музей — Ленинградское отделение Института востоковедения АН СССР. М., 1972; Кононов А. Н. Очерки истории изучения турецкого языка. Л., 1976; Кононов А. Н., Иориш И. И. Ленинградский Восточный институт: Страница истории сов. востоковедения. М., 1977; Кононов А. Н. История изучения тюркских языков в России: Доокт. период. 2-е изд. Л., 1982; Архив АН СССР: Обозрение арх. материалов. Л., 1986. Т. 8: Алиева М. М. С. Е. Малов и уйгурская фольклористика // 6-е Маловские чтения. Алма-Ата, 1990.
Некр.: Изв. АН СССР. Отд-ние лит. и яз. 1957. Т. 16, вып. 6; Науч. докл. высш. шк. Филол. науки. 1958. № 1.
Арх.: ПФА РАН. Ф. 1079; Арх. РНБ. Ф. 10/1; Пр. и расп. 1931—34; Ф. 4, оп. 2, 1932, д. 7; 1933, д. 4; ОР РНБ. Ф. 671, д. 221; ЦГАЛИ СПб. Ф. 97, оп. 1, д. 680.
Иконогр.: АН СССР: Перс. состав; Изв. АН СССР. Отд-ние лит. и яз. 1955. Т. 14, вып. 1.
Л. А. Шилов