В 2009 году был подписан контракт на строительство 2-й очереди Нового здания РНБ, со сроком ввода здания в эксплуатацию в 2013 году. Контракт на строительство заключала сама библиотека.
Строительство 11-этажного (включая цокольный этаж) здания книгохранилища общей площадью 42 325, 9 кв.м. (согласно ПИБ), способного разместить свыше 12 млн. единиц хранения, оснащенного высокотехнологичным оборудованием, в том числе автоматизированной транспортной системой адресной доставки документов, позволит РНБ решить одну из важных задач - расширение площади для хранения ежегодно увеличивающегося книжного фонда. Спустя 4 года после подписания, объект так и не был сдан заказчику, что повлекло судебные иски. Работы по строительству практически остановились.
Для исправления ситуации в апреле 2015 года Министерство культуры России передало функции государственного заказчика ФГКУ «Северо-Западной дирекции по строительству, реконструкции и реставрации» Министерства культуры РФ. Для того чтобы достроить здание, в конце 2015 года Дирекция провела открытый конкурс. Контракт на завершение строительства второй очереди здания РНБ получило ООО «Меандр».
Планировалось завершить его через год, но процесс затянулся из-за неучтенного дополнительного объема по ремонтно-восстановительным работам как общестроительных, так и инженерных систем. Уже сегодня ввод здания в эксплуатацию задерживается на 1 год.
В настоящий момент работы по строительству второй очереди библиотеки выполнены на 98 %. Идет завершение внутренних отделочных работ. Здание должно быть принято к эксплуатации согласно ГОСТам, среди которых важнейшим является показатель температурно-влажностного режима.
В 1973 г. Правительство СССР приняло решение о начале работ по строительству Нового здания Государственной публичной библиотеки (ныне Российской национальной). В 1975 году было определено место застройки. В 1978 – 1983 г.г. в институте ЛенНИИпроект под руководством архитектора В.Н. Щербина был выполнен проект, предусматривающий строительство на Московском проспекте на площади 4,6 га библиотечного здания, предназначенного для обслуживания читателей (2 тыс. мест) и хранения 20 млн. экз. изданий. После утверждения проекта было принято решение возводить здание в две очереди: в состав первой были включены все читальные залы и книгохранилища на 10 млн. экз.
В 1985 году началось строительство 1-й очереди здания. Предполагалось, что строительство будет завершено в 1993 году, однако из-за сложностей финансирования это стало возможным только к концу 2002 г. 12 апреля 2003 г. Президент России В.В. Путин официально открыл Новое здание. Особенным украшением нового книгохранилища стал комплекс из 10 скульптур - аллегорических изображений наук и искусств. Создание первых из них курировал выдающийся советский и российский скульптор Михаил Аникушин (1917-1997). Новаторский архитектурный замысел обеспечил комфортное освещение залов и изоляцию их от транспортного шума.
Ввод в строй 1-й очереди, состоящей из читательской зоны и зоны хранилищ, позволил буквально спасти часть фондов, которые находились в неблагоприятных условиях, а также расширить возможности обслуживания читателей. Сегодня обслуживание ведется в 16 отраслевых и специализированных читальных залах. В отличие от других крупных библиотек, которые закрывались для переезда на несколько лет, РНБ перемещала свои издания на Московский проспект без закрытия залов.
В связи с тем, что завершение строительства 1-й очереди здания произошло почти на 10 лет позже плановых сроков, РНБ не смогла полностью решить проблему размещения фондов. Ввод в строй здания, возводившегося в течение 17 лет, позволил решить только часть проблем, стоящих перед библиотекой. РНБ по-прежнему испытывает острейший дефицит площадей для размещения фондов и производственных подразделений. Большинство книгохранилищ Нового здания уже заполнены фондами.
Ввод в строй второй очереди Нового здания РНБ позволит создать резерв для размещения фондов, что чрезвычайно важно для сохранения документов, хранящихся в РНБ, многие из которых имеют мировое значение, шире внедрять в практику новые информационные технологии, а также создать условия для начала реконструкции Главного здания РНБ.
Во второй очереди по проекту запланированы площади для отделов комплектования, обработки и каталогов. Это позволит сократить сроки обработки литературы. Предусмотрено 46 помещений книгохранилищ для основных фондов РНБ.