Институт является крупным научным центром Российской Федерации, занимающимся разработкой приоритетных задач медицинской науки в области фтизиатрии, смежных медицинских и медико-биологических специальностей. В составе института – три крупных клиники: клиника терапии туберкулеза легких и торакальной хирургии, клиника хирургии заболеваний опорно-двигательного аппарата, урологии, гинекологии и клиника хирургии костно-суставного туберкулеза у детей. Здесь оказывают высокотехнологичную медицинскую помощь самым сложным категориям больных туберкулезом всех локализаций. СПБ НИИФ курирует противотуберкулезную службу Северо-Западного федерального округа.