Согласно «Положению об управлении Туркестанским краем», утверждённому имп. Александром III 12(24).6.1886 [вступило в силу с 1(13).1.1887], Чустский уезд был упразднён. После проведения разграничения на Памире (1875, 1895–96) российские владения в регионе также вошли в состав Ферганской области.
На севере и северо-западе граничила с Сырдарьинской областью, на северо-востоке — с Семиреченской областью, на востоке — с Китайской империей (Кашгар), на юге — с землями, расположенными в верховьях Пянджа и находящимися в сфере афганско-английского влияния, на западе — с бухарскими владениями (Вахан, Шугнан, Рошан, Дарваз, Каратегин) и с Самаркандской областью.
Упразднена в 1924 году, большая часть Ферганской области вошла в состав Узбекской ССР, часть территории включена в Кара-Киргизскую АО в составе РСФСР (с 1936 Киргизскую ССР).