Dans la bibliothèque se trouvent également des éditions séparées des livres de l’Ancien Testament en latin: l’Ecclésiaste, le livre de Job, les Psaumes (édition de Paris de 1611), trois traductions françaises des Psaumes, dont celle de l’édition de Genève de 1756, le psaume XII en traduction allemande et le livre du prophète Nahum en vers italiens. Il y a aussi l’Apocalypse avec des commentaire de Bossuet (La Haye, 1690) et le Nouveau Testament dans l’édition d’Amsterdam avec texte parallèle en grec et en latin.
Des traces de lecture se trouvent dans la Bible de 1532 dans le Nouveau Testament avec le texte grec et latin, dans la Bible de 1730, des marginalia. Par exemple, Voltaire note le passage du deuxième livre du Livre de Salomon (3.18):
«Car s’il est veritablement fils de Dieu, Dieu prendra sa defense et il le délivrera des mains de ses ennemis» et il écrit sur un signet placé à la page 823 «fils / de dieu / vray sens de ce mot».
Dans la bibliothèque est présente et largement marginée par Voltaire la célèbre édition commentée de la Bible par Augustin Calmet en 25 volumes (Commentaire littéral sur tous les livres de l’Ancien et le Nouveau Testament) (BV 1–226) . Comme le notait Vladimir Lublinsky, cette édition comprend « le texte biblique presqu’entier, dans son interprétation autorisée par l’Église, littéral et dogmatique ». Par exemple, dans le commentaire de l’Évangile de Matthieu, Voltaire marque d’un trait vertical en marge un fragment sur l’expulsion des marchands du temple par Jésus, et il marque ce passage d’un signet portant l’annotation : «marchands fessez». On trouve aussi les œuvres des Pères de l’Église. Citons notamment les Œuvres complètes de saint Jérôme (BV 1-22), sur les pages desquelles Voltaire a laissé des « papillons », le Contre Celse d’Origène dans la traduction française de Elie Bouhéreau (Amsterdam, 1700 : BV 2–204), de nombreux écrits d’Augustin (ses célèbres Confessions, édition de 1737 : BV 9 –146, le De la Cité de Dieu : BV 9–145), les Lettres (BV 1–9) et d’autres œuvres moins connues, dont Les Sermons sur le Nouveau Testament (BV 1-10), Les Sermons sur les sept pseaumes (BV 1–12), ainsi que les écrits d’Eusèbe de Césarée (Les Chroniques, Leyden, 1606, BV 1–233) et L’Histoire Ecclésiastique (traduction française de Cousin, Paris, 1675) (BV 2–233). Si les écrivains des premiers siècles du christianisme sont assez bien représentés, les théologiens et philosophes des époques ultérieures le sont beaucoup moins : parmi les principaux philosophes et théologiens du Moyen Âge n’apparaît que Thomas d’Aquin et sa Somme Théologique (édition lyonnaise de 1738) (BV 1–238).Critiquant le fanatisme de la religion chrétienne, Voltaire lui cherche une alternative. Comme beaucoup au XVIIIème siècle, quand s’est établie la mode chinoise, il s’intéresse particulièrement à la Chine et à sa religion, le confucianisme. Pour Voltaire, la Chine et le confucianisme sont des exemples de tolérance philosophique. Ce n’est pas par hasard que la bibliothèque de Voltaire contient une présentation de la religion confucianiste, le livre Confusius Sinarum philosophus (P., 1687) (BV 5–252) et le livre Chou-King, un livre sacré des Chinois. Ouvrage recueilli par Confusius (Paris, 1770) avec des traces de lecture (BV 9–255).
Si le confucianisme est pour Voltaire un modèle de tolérance, l’islam et le judaïsme passent au contraire pour des religions fanatiques. La bibliothèque de Voltaire possède un Coran en anglais avec traces de lecture, notes et signets (BV 9–257). Un signet annoté est consacré au problème du monothéisme, Voltaire y polémiquant d’une façon voilée avec le christianisme (dieu / est letre eternel/ il n'a ny fils/ ny pere. rien/ nest semblable/ a luy).
Sont également présents les livres sacrés d’autres religions, notamment celui du zoroastrisme, l’Avesta (Zend-Avesta, ouvrage de Zoroastre. Paris, 1771, trois volumes, marginé) (BV 9-256). Dans la préface du traducteur, le célèbre orientaliste français Abraham Hyacinthe Anquetil-Duperron raconte son voyage en Inde et les traditions des Parsis ignicoles, dont le livre sacré était l’Avesta. L’auteur de la Préface écrit qu’il a visité le temple du feu, Voltaire plaçant en cet endroit un signet annoté : «Il entre dans le temple du feu de Derimer» .
La bibliothèque contient également une étude de l’ancienne religion du manichéisme (Beausobre I. Histoire critique de Manès et du manichéisme. Amsterdam, 1734-1739) (BV 2–217). Le zoroastrisme et le manichéisme considèraient la lutte entre le bien et le mal, la lumière et les ténèbres, comme le principe de l’univers.
Si Dieu n’existait pas, il faudrait l’inventer
Les livres sacrés dans la bibliothèque de Voltaire
«Livres dangereux». Traités athées et déistes
Le combat de Voltaire pour la tolérance