В июле 1986 г. было принято решение Исполкома Ленгорсовета «О развитии материально-технической базы Государственной публичной библиотеки им. М. Е. Салтыкова-Щедрина». Был утвержден специальный план мероприятий, город взял на себя функции заказчика по капитальному ремонту и строительству. Благодаря энергичным усилиям директора Библиотеки В. Н. Зайцева, уже 28 октября 1986 г. состоялась закладка Нового здания Государственной Публичной библиотеки им. М. Е. Салтыкова-Щедрина с участием заместителя председателя исполкома Ленсовета В. И. Матвиенко (впоследствии заместителя председателя правительства Российской Федерации и губернатора Санкт-Петербурга).
В основание Нового здания была заложена капсула с обращением к будущим поколениям. Она символизировала начало нового сооружения, где читальные залы и фондохранилища должны стать воплощением надежд читателей и библиотекарей, новым этапом развития Публичной библиотеки.
Строительство Нового здания стало важнейшим вопросом в жизни Библиотеки в следующие 25 лет. Сложная подготовительная работа привела к появлению Постановления Совета Министров СССР от 31 мая 1988 г. «О мерах по укреплению и дальнейшему развитию материально-технической базы Государственной Публичной библиотеки им. М. Е. Салтыкова-Щедрина в г. Ленинграде». На пути реализации этих мер Библиотеке пришлось провести большой комплекс работ по переоборудованию и приспособлению под книгохранилища трех новых помещений, переданных ей в пользование: по ул. О. Дундича, д. 25, Индустриальному пр., д. 10 и ул. Орджоникидзе, д. 31 (общей площадью около 4 тыс. кв. м). В 1989 г. в здание на ул. О. Дундича был перебазирован почти полуторамиллионный фонд Отдела национальных литератур, который в том же году начал обслуживание читателей.
В 1988 г. в результате аварии на городской теплотрассе был затоплен горячей водой фонд Отдела нот и звукозаписей, находящийся в здании по Большеохтинскому пр., д. 12. Для его спасения пришлось затратить огромные трудовые и материальные ресурсы. Но зато ремонт здания на Фонтанке, начавшийся в 1986 г., удалось завершить в 1989 г., через три года после начала работ и через 18 лет после закрытия филиала. Крупнейший филиал Публичной библиотеки вновь стал принимать читателей.Параллельно развернулись работы на строительной площадке на Московском пр. Расположение большого объема (450 тыс. куб. метров) на сравнительно ограниченном участке напротив парка Победы потребовало компактного объемного решения.
Первоначально предполагалось возвести единовременно весь проектный комплекс, однако сроки строительства затягивались. Экономические трудности, с которыми столкнулась страна во второй половине 1980-х гг., не позволили завершить строительство в утвержденные сроки. Чтобы ускорить ввод в строй хотя бы части площадей, в 1988 г. было решено вести строительство в два этапа. Постановлением Совета Министров СССР единый библиотечный комплекс был разделен на 1-ю и 2-ю очереди, со сроками ввода в эксплуатацию в 1990 и 1993 гг.
Политический и экономический кризис в стране, обострившийся на рубеже 1980–1990-х гг., последовавший далее распад СССР и образование независимых государств, сопровождавшиеся разрывом традиционных экономических и культурных связей между бывшими советскими республиками, а отчасти и в пределах Российской Федерации, переход от плановой экономики к рыночной и все связанные с этим проблемы не могли не отразиться на деятельности Библиотеки. Резкие изменения произошли на книжном рынке, испытавшем в период перестройки и постсоветском периоде обвальное падение.
В конце 1980-х — начале 1990-х гг. в Библиотеке начались эксперименты по расширению самостоятельности в решении производственных задач, применению элементов хозяйственного расчета. В 1989 г. в Библиотеке, как и во многих других учреждениях, был создан орган общественного самоуправления — Совет трудового коллектива (СТК), призванный демократизировать процесс ее управления. Он прекратил свое существование в 1993 г.
Развитие общественного движения за расширение гласности и демократии в стране сняло большинство прежних запретов и привело к пересмотру представлений о цензуре. Главное Управление по охране военных и государственных тайн в печати значительно ослабило свое внимание к спецфондам и к литературе ограниченного распространения. Уже к концу 1980-х гг. 90% ранее закрытых отечественных и зарубежных изданий были выведены из спецфонда и стали доступны читателям.
В январе 1989 г. Библиотека широко отметила 175-летие со дня открытия для читателей Императорской Публичной библиотеки. Было проведено заседание Всесоюзного библиотечного совета и научно-практическая конференция, посвященная учету и сохранению редких книг в стране. В мероприятиях приняли участие представители практически всех крупнейших библиотек Советского Союза.
См. статью «Н. В. Зайцев. К 80-летию со дня рождения»