Смерть Екатерины II и приход к власти Павла I повлекли за собой отстранение от занимаемой должности статс-секретаря и управляющего делами Кабинета В. С. Попова. Разбор книг и постройка здания на некоторое время затормозились. Положение спас граф А. С. Строганов, известный русский меценат и государственный деятель, один из авторов врученного Екатерине II еще в 1766 году "Плана Публичной Российской библиотеки в Санкт-Петербурге".
В январе 1800 года А. С. Строганов был назначен главным директором императорских библиотек. Благодаря его хлопотам и настойчивости, по замечанию А. Н. Оленина, Императорская Публичная библиотека "сохранила свое бытие". А. С. Строганов способствовал ускорению разбора книг, уточнил контуры книгохранилища ("речь идет о библиотеке государственной,— указывал он. — И только в этом смысле, а не в ином она является Императорской").Убедив Павла I оставить Библиотеке строящееся на углу Невского и Садовой здание (с огрехами и недостатками, но строительство в 1800 году шло к завершению), Строганов поставил задачу открыть Библиотеку "для публичного употребления" уже в самое ближайшее время.
Перемены на российском престоле (убийство Павла I, вступление на трон Александра I) благоприятствовали достижению цели. "Дней александровых прекрасное начало" должно было украситься и открытием Публичной библиотеки. К планам графа сочувственно отнеслись некоторые члены влиятельного в начале царствования Александра I Негласного комитета, неофициального совещания молодых друзей нового императора. А сам Александр I по настойчивой просьбе Строганова приобрел и передал в собственность Публичной библиотеки собрание рукописей П. П. Дубровского, бывшего чиновника русского посольства в Париже, страстного библиофила и коллекционера. Во время революционных событий 1789 года во Франции Дубровскому удалось спасти часть бумаг, хранившихся в архиве Бастилии. В его руки попали также рукописи из библиотек древнейших монастырей — Сен-Жерменского и Корбийского (V-XIII вв.). Он собрал до 8000 автографов знаменитых людей Франции (в том числе — письма и государственные бумаги почти всех французских королей, начиная с Людовика XI). В различных городах Европы Дубровский приобрел также рукописи и письма Эразма Роттердамского, Лейбница, Дидро, Руссо, Вольтера и других великих ученых и писателей XVI-XVIII веков. Кроме того, в его собрании имелись древнеславянские и восточные рукописи. Свои рукописи дарили Дубровскому как "охотнику до подобных редкостей" и многие русские писатели и ученые (знаменитый поэт Г. Р. Державин, писатель и переводчик А. А. Писарев, историк В. Г. Рубан, передавший собирателю материалы русских просветителей, драматургов Д. И. Фонвизина и Я. Б. Княжнина). С этой замечательной коллекции и возникло в Библиотеке в 1805 году особое хранилище, получившее название "Депо манускриптов".Еще при А. С. Строганове оно пополнилось ценнейшими памятниками древнерусской письменности. Среди них — старейшая из всех известных в настоящее время датированных русских книг — Остромирово Евангелие (1056-1057), найденное после смерти Екатерины II в ее гардеробе (известно, что в последние годы жизни императрица усиленно собирала и изучала материалы по истории России), и знаменитая Лаврентьевская летопись (1377) — древнейший список начальной русской летописи, открывающийся всемирно известной Повестью временных лет — "Откуда есть пошла русская земля, кто Киеве нача первее княжити и откуда русская земля стала есть".
Новое российское древлехранилище пополнялось с момента своего основания также за счет дарений частных лиц. Назначенный в 1810 году помощником библиотекаря первый русский палеограф, знаток "Слова о полку Игореве" А. И. Ермолаев подарил Библиотеке список Ипатьевской летописи. Коллекция русских и славянских рукописей поступила "для пользы или любопытства посещающих библиотеку любителей российских древностей" от обер-бергмейстера П. К. Фролова. В числе дарителей, способствовавших обогащению Библиотеки, были также академики В. М. Севергин, А. Я. Купфер, П. И. Кеппен, Я. Д. Захаров, Б. А. Дорн, мореплаватели И. Ф. Крузенштерн, Ф. П. Врангель, большинство российских писателей, книготорговцы Глазуновы, купцы М. Шумилов, И. П. Лаптев и другие. Поступали дары и из-за границы: из Боснии — от священника П. Твердковича, из Сербии — от писателей Вуича и Зубана, из Праги — от поэтов и деятелей чешского возрождения Я. Коллара и В. Ганки, из Варшавы — от лингвиста С. Линде. Стали налаживаться связи со старейшими библиотеками и университетами Европы.
В 1808 году А. С. Строганов выбрал себе в помощники по управлению библиотекой А. Н. Оленина (176З-1843). Он был назначен товарищем главного директора, а после смерти Строганова — директором Публичной библиотеки (1811-1843). Президент Академии художеств, талантливый рисовальщик, историк, знаток новых и древних языков, любитель литературы и искусства, покровитель поэтов и художников - далеко не полный перечень заслуг и достоинств этого яркого человека. Они обеспечили ему видное место в истории русской культуры и науки на протяжении почти полувека. В. О. Ключевский, знаменитый русский историк, чье слово особенно весомо, писал:
"В продолжении 50 лет - до 1843 года - трудно вспомнить в ходе русского просвещения крупное дело или крупного дельца, не припоминая и Оленина. Не быв крупным светилом, он как-то умел бросить свой луч на каждое современное ему светлое явление в этих областях нашей жизни".И если Строганов "сохранил бытие" Публичной библиотеки, то Оленин вдохнул в нее настоящую жизнь, открыл ее для читателей, дал им возможность пользоваться фондами библиотеки, работать в читальном зале, знакомиться с ее сокровищами. Время директорства Оленина однажды назвали детством Публичной библиотеки. Сравнение не лишено оснований. Надо лишь к этому добавить, что именно в "детском возрасте" Публичная библиотека обрела многое из того, что обеспечило ей дальнейшее развитие и благополучие. Он не только не отошел от первоначальных намерений Екатерины II, но, напротив, развил и углубил их, предпринял реальные шаги по созданию в России общедоступной библиотеки, совмещающей хранительские и просветительские цели.
В 1809 году Оленин издал первое в России руководство по организации фондов и каталогов "Опыт нового библиографического порядка для Санкт-Петербургской Публичной библиотеки". Оленин разработал структуру Библиотеки, собрав книги на русском языке в особом отделении (1811). Организация самостоятельного русского фонда подчеркивала национальный характер Публичной Библиотеки.
В 1810 году Александр I особым рескриптом предписал открыть новое учреждение "на пользу общую" и утвердил составленное Олениным и отредактированное М. М. Сперанским "Положение о управлении Императорскою Публичною библиотекою" — первый в России библиотечный закон, посвященный "образу управления и содержанию" Библиотеки. Публичную библиотеку предписано было содержать на "деньги из государственного казначейства", выделяя впредь для этого особые суммы. Подлинные документы хранятся в Отделе рукописей в специально изготовленном ларце («ковчеге»).
"Положение" закрепило также установленные при ее основании главные принципы организации работы, а именно — хранение архива отечественной печати и рукописного наследия при соблюдении непременного условия "приема посетителей и доставления им всех нужных сведений по части каждого". Был очерчен круг обязанностей библиотекаря и хранителя манускриптов, установлен штат Библиотеки, ее структура. Из ведения Императорского Кабинета Публичная библиотека передавалась в Министерство народного просвещения, что подкрепляло ее просветительские намерения.Общественную атмосферу, в которой начала жить и действовать Публичная библиотека, в полной мере определяли слова, украсившие ее первый законодательный регламент: "На пользу общую", "без разбора лиц". Оленин писал в августе 1814 года:
"Истинная цель открытого книгохранилища состоит в том, чтоб всякий, кто бы он ни был, мог требовать для своего употребления всякого рода печатные книги, даже самые редкие... и пользоваться ими безмездно, не унося их токмо домой".
По настоянию Оленина, в "Положение" 1810 года было вставлено правило об обязательной бесплатной доставке в Библиотеку в двух экземплярах всего, что выходит в свет из-под печатного станка в России. Так радикально была решена проблема полного и регулярного получения российских книг и других изданий.
"Как дерево посредством корня получает первоначальную свою растительную силу, так точно возрастание сего книгохранилища основано и утверждается на законе, которого действием приносится в оное из всей отечественной земли по два образца новых произведений книгопечатного искусства" — эти слова из отчета Оленина обращены не только в прошлое, но и в будущее.
2 (14) января 1812 г. император Александр I посетил Библиотеку и нашел ее готовой к открытию. Однако, «гроза двенадцатого года» помешала этому событию. Опасность, нависшая над столицей, заставила увезти из Петербурга "все рукописи и лучшие книги". В сопровождении помощника библиотекаря В. С. Сопикова библиотечное имущество, погруженное на бриг, отправилось водой на Север. Здесь бриг и члены его команды, преодолев в бурю Ладожское озеро, зазимовали на реке Свирь, неподалеку от Лодейного Поля. См. Императорская Публичная библиотека в 1812 году
Убежденный в том, что Императорская Публичная библиотека — хранилище всех материалов, "до истории отечества нашего касающихся", Оленин был озабочен также и тем, чтобы приказы и известия по русской армии, "летучие листки" военного времени, газеты, выходившие на оккупированной французами территории, рукописные свидетельства участников и очевидцев сражений, партизанских стычек и налетов поступали на хранение в Публичную библиотеку. Создание коллекций книг, плакатов, альбомов, листовок, рукописных материалов о войне 1812 года отвечало патриотическим чувствам и других библиотекарей, не сомневавшихся в том, что эта война будет "самой знаменитейшей в летописях мира". Их труд, как показало время, не пропал даром. Интерес к книгам по истории России и прежде всего к публицистике периода Отечественной войны проявляли первые же посетители, перешагнувшие порог Публичной библиотеки."И всего чаще читали описания подвигов наших героев, наипаче тех, которые прославились в последнюю войну. Требования сих книг были так велики, что библиотекари не успевали удовлетворить всех посетителей за раздачей таких книг другим читателям", — говорилось в отчете Библиотеки.