Активно приобретались и мусульманские рукописи, наиболее ценные из которых поступили благодаря российским дипломатам. Были куплены собрания полномочных министров при Персидском дворе Д.И.Долгорукова И.О.Симонича (1868 г.), консула в Тебризе, известного востоковеда Н.В.Ханыкова (1864 г.). При посредничестве Ханыкова в 1864 г. приобретено собрание Коранов куфического письма (130 фрагментов VIII–XI вв.), принадлежавшее французскому ориенталисту, участнику экспедиции Наполеона в Египет Ж.Ж.Марселю. Профессор Петербургского университета и сотрудник Библиотеки В.Д.Смирнов в 1875, 1879 и 1893 гг. выезжал в научные командировки в Турцию, где по заданию и на средства Библиотеки покупал мусульманские рукописи.
Приращению фондов способствовало расширение границ России в Средней Азии. В 1868–1876 гг. генерал-губернатором Туркестана К.П. фон Кауфманом были переданы 300 арабографичных рукописных книг и два архива Хивинских и Кокандских ханов (в 1962 г. по решению Министерства культуры РСФСР архивы возвращены в Узбекистан).Последние десятилетия ХIХ века отмечены многочисленными поступлениями христианских рукописей, созданных в странах Востока. В 1880 г. у князя И.Г.Грузинского было куплено собрание его деда, царевича Иоанна Багратиони. Оно состояло из 360 кодексов, а также документов времени присоединения Грузии к России. (В 1923 г. в соответствии с постановлением ВЦИК по решению советского правительства Библиотека передала 216 грузинских рукописей – 178 единиц хранения из собрания царевича Иоанна, 39 единиц хранения из остальных фондов – в Грузию. Ныне эти рукописи хранятся в Институте рукописей в Тбилиси).
Самым крупным безвозмездно переданным частным собранием восточных рукописей является полученное в 1891 г. по завещанию собрание индийских рукописей профессора Петербургского университета И.П.Минаева , переданное его племянницами В.П. и А.П. Шнайдер. За время трех путешествий в Индию Минаев собрал 320 рукописей, из них 75 – на пальмовых листьях.
Приобретенное в 1899 г. собрание начальника Российской духовной миссии в Иерусалиме архимандрита Антонина (Капустина) содержит арабские и более тысячи еврейских кодексов и фрагментов, происходящих изгенизы синагоги Ибн Эзры в Старом Каире.