Отдел рукописей основан 11 марта 1805 года.
Рескриптом императора Александра I от 27 февраля (11 марта по новому стилю) 1805 года директору Императорских библиотек графу А. С. Строганову было предписано учредить при Императорской Публичной библиотеке особое отделение – «Депо манускриптов». Непосредственным поводом для этого послужило приобретение государством уникальной коллекции рукописей русского дипломата Петра Петровича Дубровского, которую он собрал за долгие годы службы и пожелал посвятить ее на благо Отечества.
Так было создано первое в России государственное хранилище рукописных памятников, открытое для читателей и исследователей. «Депо манускриптов» стало первым структурно оформленным отделом Императорской Публичной библиотеки.Со времени основания в Отдел рукописей начали поступать материалы из государственных источников, частные коллекции рукописных книг и документов, монастырские собрания, личные архивы писателей, ученых, государственных и общественных деятелей, композиторов, художников, архитекторов. Собранные уникальные материалы стали базой научных исследований для многих поколений не только отечественных, но и зарубежных ученых. Фонды Отдела являются неиссякаемым источником для таких как всемирно известных серий, как «Литературное наследство», «Библиотека поэта», «Литературные памятники», «Памятники культуры. Новые открытия», «Памятники литературы Древней Руси». Уникальные архивные документы из фондов русских писателей и поэтов XVIII – XX вв. были использованы при подготовке многочисленных изданий классиков отечественной литературы, в том числе полных академических собраний сочинений.
Отдел существует уже 210 лет как хранилище многовековой мудрости, запечатленной в манускриптах – рукотворных памятниках человеческой мысли.Почти 30 лет хранителем в Депо манускриптов проработал академик А. Х. Востоков. После него более ста лет Отделением руководили отец и сын – академик А. Ф. Бычков и член-корреспондент Академии наук И. А. Бычков. В послереволюционный период многие годы в Отделе работали члены-корреспонденты Академии наук Д. И. Абрамович, В. Н. Бенешевич, О. А. Добиаш-Рождественская, В. В. Майков (прослуживший здесь 46 лет). В послевоенный период ведущую роль в деятельности отдела играли историки, археографы, палеографы, трудившиеся здесь, – В. Г. Гейман, Е. Э. Гранстрем, Н. Н. Розов, Д. Н. Альшиц, Т. П. Воронова, Т. П. Глушкова, Г. И. Костыгова, В. М. Загребин.
Эти традиции достойно продолжают сотрудники отдела, хранящие бесценные рукописи. Высокий профессионализм в обработке и описании фондов, серьезный научный уровень издаваемых описаний и каталогов, исследований самих памятников, факсимильных публикаций, активное внедрение инновационных технологий в практику работы по информационному раскрытию фондов приумножают высокий авторитет Отдела в научной среде, в широких кругах общественности.В стенах Отдела рукописей собраны более 430 тысяч памятников письменности разных времен и народов – от древних египетских папирусов до автографов наших современников.