Если комплектование первой половины XIX в. характеризуется преобладанием западноевропейских рукописных материалов, то вторая половина этого столетия – время интенсивного пополнения фондов древнерусскими, восточными и греческими кодексами, что связано со всплеском научного интереса именно к этим письменным памятникам.
В 1852 г. правительство Николая I при посредничестве директора Библиотеки М. А. Корфа приобрело «Древлехранилище» московского историка и писателя М.П.Погодина, содержавшее более 2 тысяч рукописных книг, около полутора тысяч актов и грамот и несколько сотен автографов. В эту коллекцию входят сборники, составленные из фрагментов рукописей различных монастырских библиотек археографом и историком П. М. Строевым, собрание которого было приобретено Погодиным в 1842 г.В 1852–1862 гг. в Публичную библиотеку была передана часть книжного собрания Императорского Эрмитажа. Оно формировалось с 1766 г. по указанию Екатерины II и к середине XIX века насчитывало несколько тысяч печатных книг, а также более 800 русских рукописей и около 500 рукописных книг на западноевропейских языках. В составе Эрмитажного собрания поступили рукописи, принадлежавшие прежде известному историку князю М. М. Щербатову; среди них знаменитый Изборник 1076 года, акты и грамоты по истории Сибири, документы по истории России времени «междуцарствия».
Большая часть коллекций древнерусских рукописей поступила в Основное собрание рукописной книги (ОСРК), формировавшееся в течение всего XIX в. и распределенное по 18 разделам (организованны по форматно-тематическому принципу). В ОСРК влились крупные коллекции рукописных книг П. Ф. Карабанова (1852 г.), В. В. Трехлетова (1860 г.), П. И. Гундобина (1860 г.), И. П. Сахарова (1863 г.), И. К. Куприянова (1863 г.), Е. В. Берсенева (1865 г.), Н. М. Карамзина (1867 и 1879 гг.), А. И. Артемьева (1875 г.), Ф. К. Сокурова (1876 г.), В. Н. Попова (1887 г.), П. Д. Богданова (1888 г.), Ф. И. Буслаева (1893 г.), П. И. Савваитова (1897 г.), архимандрита Амфилохия (1900–1901 гг.). Ныне в фонде ОСРК хранится более 8 тысяч рукописных книг и фрагментов XI – начала XX вв.
Во второй половине XIX в. были приобретены интереснейшие коллекции южнославянских рукописей. В 1868 г. славист и историк, собиратель былин, бывший русский консул в Боснии А.Ф.Гильфердинг подарил свою коллекцию, составленную им в 1856–1859 гг. и содержащую 101 рукопись XIII–XVIII вв.
В 1874 г. Библиотека приобрела у задарского аптекаря Михаила Берчича собрание его покойного сына Ивана Берчича, профессора библейских наук, собравшего ценнейшую коллекцию глаголических памятников – 5 полных рукописей XV и XVI вв., 154 фрагмента кодексов XIII–XVI вв. и 53 документа XV–XVIII вв., написанных курсивной глаголицей.
В 1858–1859 гг. по распоряжению Александра II были выделены средства на приобретение собрания немецкого византиниста Константина фон Тишендорфа. В этой коллекции, содержащей около двухсот христианских (греческих, коптских, арабских, сирийских) и еврейских рукописей, находятся десятки двуязычных палимпсестов. Часть коллекции Тишендорфа была собрана ученым во время третьего путешествия на Ближний Восток, профинансированного русским императором.В 1883 г. приобретено чрезвычайно ценное для специалистов-палеографов собрание первого начальника Российской духовной миссии в Иерусалиме епископа Порфирия (Успенского), содержащее 435 греческих, славянских, арабских и других рукописей, по большей части фрагментов, в числе которых три листочка из знаменитого Синайского кодекса IV в.
В последний год XIX в. поступило собрание начальника Российской духовной миссии в Иерусалиме архимандрита Антонина (Капустина). Собрание содержит более сотни греческих и славянских манускриптов.