История Отдела – это прежде всего история формирования его бесценных фондов, в которой, как в многогранном зеркале, отражается история России и целый калейдоскоп лиц, оставивших след в мировой культуре, коллекционеров с их замечательными книжными собраниями, и сами судьбы этих коллекций.
Первый комплекс рукописей, предназначенных для Императорской Публичной библиотеки, появился в Петербурге десятью годами ранее создания "Депо манускриптов", когда после третьего раздела Польши в Петербург по указу Екатерины была привезена из Варшавы библиотека братьев Залуских, имевшая в своем составе около 11 000 рукописей. По условиям Рижского мирнгого договора почти все рукописи этой коллекции в течение 1922–1935 гг. были возвращены в Польшу, где большинство из них погибло во время во время Второй мировой войны.Собственно рескрипт Александра I от 27 февраля (11 марта) 1805 г. об учреждении «Депо манускриптов» непосредственно был связан с тем, что правительство приобрело замечательную коллекцию П.П.Дубровского, прослужившего в Коллегии иностранных дел 23 года.
Не обладая ни значительными средствами, ни высоким должностным положением, сотрудник русского посольства в Париже сумел составить весьма ценное и обширное собрание, насчитывающее около 900 рукописных книг V–XVIII вв. (свыше 700 западноевропейских, 50 славянских, 20 греческих и более 130 восточных) и 15 тысяч документов XII–XVIII вв. Расцвет собирательской деятельности Дубровского пришелся на годы Великой Французской революции. Именно тогда он смог приобрести многие ценные рукописи из богатой библиотеки аббатства Сен-Жермен-де-Пре, в том числе древнейшие латинские кодексы, созданные в монастырских скрипториях различных стран Западной Европы. Среди них сборник произведений Блаженного Августина (перв. пол. Vв.), созданный еще при жизни автора, и второй по старшинству из сохранившихся в мире список «Церковной истории английского народа» (ок. 746 г.), сочинения первого историка Англии Беды Почтенного. В коллекции Дубровского представлены великолепные рукописи с миниатюрами, некогда принадлежавшие королям, членам королевских фамилий или представителям высшей знати Англии, Франции, Италии, Испании. Превосходным образцом французского книжного искусства XIV в. является двухтомная «Историческая библия» Гийара де Мулена, в течение двух столетий принадлежавшая наваррскому дому д’Альбре. Огромную историческую ценность имеет документальная часть собрания Дубровского, основной массив которой составляют бумаги XVI-XVIII вв. из государственных архивов Франции, в том числе из архива Бастилии.Поначалу фонд Отдела пополнялся единичными рукописями, преподнесенными в дар. Уже через год после покупки коллекции Дубровского Александр I передал в «Депо» знаменитое Остромирово Евангелие, древнейшую из датированных русских рукописных книг (1056–1057 гг.). В 1810 г. помощник хранителя рукописей А.И.Ермолаевподарил Библиотеке список Ипатьевской летописи. В 1811 г. граф А. И. Мусин-Пушкин преподнес в дар Лаврентьевскую летопись 1377 года, содержащую самый старый список «Повести временных лет», и тем самым спас уникальную рукопись от гибели в московском пожаре 1812 г., поглотившем его крупнейшее в то время собрание вместе с единственным списком «Слова о полку Игореве».
После официального открытия Публичной библиотеки «на пользу общую» 2 (14) января 1814 г. в течение 11 месяцев хранилище приняло в дар 64 рукописи. Александр I привез купленную в Париже для «Депо манускриптов» богато иллюстрированную книгу 1401 года с французским переводом сочинений Валерия Максима. Среди даров особо выделяется пожертвование двух томов знаменитого Лицевого летописного свода XVI в.: Хронографического тома (греческим дворянином З. П. Зосимой) и Шумиловского тома (томским купцом Мефодием Шумиловым).