Для сохранения стекол в окнах Библиотеки от ударов взрывной волны члены команды МПВО круглосуточно наклеивали на них бумажные ленты. Несмотря на это, в сентябре-октябре в результате воздушных налетов, а затем и постоянных артиллерийских обстрелов в Главном здании и филиалах были выбиты почти все стекла. Для защиты книгохранилищ силами сотрудников оконные проемы были заделаны фанерой, а окна первого этажа — специально изготовленными щитами.
М. А. Садова вспоминала: «Крепко стояло старое прочное здание, только глухо потрясаясь от страшных ударов, но стекла не раз вылетали и рассыпались вдребезги. Тогда холодный ветер врывался в разбитые окна, свободно и нагло гулял под сводами величественных залов, вздувая темные шторы и пронизывая насквозь маленькую кучку стойких библиотекарей фонда. Поднимаясь на высокие галереи, коченеющими руками они снимали для читателей нужные книги. Слабые и голодные, они не уходили до тех пор, пока дневное задание не было выполнено. Следы запустения, приведенного войной, виднелись повсюду: и пыль, и мусор, и неубранная осыпавшаяся известка, и стулья в беспорядке, заброшенные хозяевами письменные столы, пустые полки. Некому было убирать, мыть и чистить, как прежде. Знаменитой „пыльной бригады“ не существовало. Ушла куда-то строгая, величавая красота и гармония линий».