В связи с сокращением числа читателей и сотрудников закрылись 18 существовавших до войны читальных залов Библиотеки, и был организован лишь один небольшой читальный зал в «Кабинете Фауста» с подсобной библиотекой и справочным пунктом. В начале зимы Библиотека перестала отапливаться, в январе 1942 г. было отключено водоснабжение. Заниматься в холодном читальном зале стало невозможно, и он был закрыт. Однако обслуживание читателей не прекращалось. С этого времени всем, кто приходил в Библиотеку, предоставлялась возможность работать в тех немногих помещениях, где имелось печное отопление: в кабинете директора и столовой, причем читатели должны были приходить со своими средствами освещения (свечи, фонари и т. п.).
Инженер-электрик М. Е. Вольфсон вспоминал, что он записался в Библиотеку 7 января 1942 г. в связи с подготовкой к сдаче экзамена за последний курс электромеханического факультета Политехнического института. До 1 февраля 1942 г. бывал часто, «это было единственное место в городе, где можно было получить необходимую литературу. Несмотря на холод, работники <…> очень внимательно помогали мне выбрать литературу и найти нужную книгу».