За время блокады существенные разрушения претерпели здания Библиотеки.
Первый артиллерийский снаряд попал в начале апреля 1942 г., частично разрушив самый большой читальный зал в Воротиловском корпусе, повредив крышу, перекрытия и потолок. Только за 1942 г. в здания Библиотеки попали 6 артиллерийских снарядов. Неоднократно взрывались бомбы и снаряды рядом на площади Островского. В результате серьезно пострадало более 2500 м2 кровли, были повреждены многие перекрытия между этажами, строительные конструкции, стены, пол, металлические рамы оконных переплетов. Пострадали исторические интерьеры залов, в частности, лепнина опорной колонны и художественная роспись части сводов в «Кабинете Фауста».
По оценке «Городской Комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков», ущерб, нанесенный только Главному зданию Библиотеки до 1 мая 1943 г., составил 41 889 808 р., а вместе с филиалами — превысил 70 млн р.